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当前，我国县域经济当前存在如下五个突出问题。
一是全国县域经济发展极不平衡。我国县域经济发展水平的区域分布特征与区域发展总体格局一致，即发达的县主要分布在东部地区，落后的县主要分布在中西部地区。2006年，全国地方财政收入预算收入超过5亿元的县共有204个，东部、中部、西部、东北地区分别有144、28、26和6个。其中，浙江36个、江苏34个、山东34个，三省合计数占全国的51%；如再加上广东（14个）、河南（14个）、福建（9个），则六省合计数占全国的70%；而西藏、青海、宁夏、湖北、安徽、黑龙江、海南1个都没有。全国农民人均纯收入6000元以上的县共有118个，也主要分布在东部地区，其中江苏24个、浙江37个、山东18个，三省合计个数占全国的67%。
二是县域经济的产业结构层次偏低，经济发展基本要素供应不足。目前，全国县域经济的一产比重约25%，而2007年全国GDP中一产的比重已达11.7%。因此，县域经济整体上仍然没有摆脱“农业大县、工业小县、财政穷县”的基本特征。近年来，金融、土地、人才、技术等产业要素日益向城市特别是中心城市集聚，县域经济做大做强所需的要素支撑更显不足，比如，在金融支持上，四大国有商业银行从农村不同程度的退出，县域范围内资金多数呈现净流出状态；在用地供应上，很多省份的土地利用年度计划分配到县的指标不足总量的10%。
三是县域经济的发展方式有待转变，工业化和城镇化推进过程中存在诸多盲目性。很多县级地方政府仍然片面地把发展工业化理解为上项目、建工厂、建开发区，把发展城镇化理解为上广场、建楼房、改户口。由于县乡政府招商引资的愿望迫切，随着近年来发达地区和中心城市产业结构的调整，一批低端制造业项目向县域转移，其中不少是能耗偏高、污染较重、单位土地投资强度偏低的项目，造成资源浪费、环境破坏和对“三农”利益的损害。
四是县乡财政困难问题仍然突出，县级政府经济调节和公共服务的能力不足。据有关资料显示，目前全国平均每个县的赤字约一个亿，全国赤字县占全国县域的比重大约在3/4左右，赤字总量占这些地方财政总量的近80%。因财政硬缺口大，县级财政基本上是“吃饭财政”，缺乏偿债能力，县乡政府的债务风险仍未得到根本性控制。同时，县级政府对县域范围内教育、卫生、文化、社会保障、救灾救济、计划生育等各类公共服务都负有直接责任，县级财政供养大量相关行政事业单位人员，而县级的财权与事权明显不匹配，责权利不对等。因此，除少量经济强县外，县级政府动用各方面力量发展经济、调控经济的手段不强，自主加强公共服务的能力普遍较弱。
五是县域经济的体制束缚仍较严重，自我发展能力和活力有待增强。在行政管理体制方面，随着地改市的推行，由市管县带来的体制性负面效应逐步显现。一方面，因机构层级较多，行政成本增加，行政效率下降；另一方面，市级政府往往倾向于调配市域内资源来集中发展中心城市，由此造成了县域经济自身活力不强、财力不足、资源不够。在农业生产方式上，现行的农村土地制度不适应现代化生产经营的问题正日益显现，农用地流转和适度规模经营仍受诸多制约，而“农地入股”试验也存在着土地承包经营权的“偿债”风险。在企业改革发展方面，虽然县乡国有集体企业的改制已取得重要进展，但企业的社会化服务体系普遍没有建立起来，县域民营企业、中小企业在融资、技术、人才、咨询、物流服务等方面存在着较多障碍。 | 
