在卫生部、安徽省卫生部门支持下，安徽省阜阳市整合全市卫生资源，全力对感染肠道病毒ＥＶ７１的患儿开展救治，在全市范围加强疾病防控措施。 
阜阳市肠道病毒ＥＶ７１感染病情发生后，卫生部和安徽省委、省政府高度重视，卫生部先后派出１９名专家，安徽省卫生厅组织２２名病理和临床等专业专家到阜阳进行调查处理和技术指导。阜阳市成立了以市长为组长防治工作领导小组，从全市医疗系统调配了精干人员和相关设备，组建专门救治医护队伍和危重症患者救治组。安徽省卫生厅会同财政厅已向阜阳市紧急拨付１５０万元专项经费，阜阳市财政也划拨１２０万元专项经费用于防治工作。
４月２０日晚，专家组研究制定了病例诊疗处置意见。４月２４日晚，根据病情发展情况，专家组对诊疗处置意见进行了修改完善，制定《肠道病毒ＥＶ７１感染诊疗处置意见（试行）》。市卫生局组织专家对死亡病例及时采集标本送检，逐例进行现场流行病学调查，并对死亡患儿家庭密切接触者和周围群众进行健康观察，发现情况及时处理。
为加强疫情监测，阜阳市严格报告制度，提高预警能力，还对全市卫生行政管理人员、疾病预防控制人员和医务人员等开展了传染病防治知识的全员培训，掌握防控关键技能，提高防控和处置能力。
为提高群众的卫生防病知识水平、增强自我防范意识和能力，阜阳市加强信息通报和宣传教育工作，全市广泛开展春季爱国卫生运动，重点对学校、幼儿园、村庄的环境卫生、饮水、食品卫生等开展群众性卫生活动，改善不良卫生习惯，消灭传染源，切断传播途径。
