随着国内经济体制改革的深化和国际经济、金融业务的介入，利率市场化也随着形势的迫切需求逐步形成和实现。这也是经济、金融发展的必然规律。长期以来，中国金融业一直在央行严格的利率管制环境下经营，各金融机构对现行改革的利率市场化的感性认识和理性认识都不深刻。特别是农村信用社更是如此。因此，农村信用社利率市场化改革是在毫无经验的条件下进行的。在这种情况下，一定会存在较大的制约因素和问题，把握和预测市场利率水平等方面会有很大的难度。滞后信用社的发展。
一、利率市场化改革准备不充分，存在市场风险隐患
众所周知，利率作为金融产品的价格，是整个金融市场和金融体系中最能动、最活跃的因素。因此，利率市场化改革的最根本条件是：农村信用社是否具备自我约束、自负盈亏、自我发展和机制，是否成为一个成熟的市场主体。而农村信用社目前的状况是：产权不明晰，治理结构残缺，经营理念陈旧，经营自主性差，大多数是被动地接受利率市场化改革，对利率改革的理解还仅仅停留在寻求资金困难的层面上，甚至还沉浸在利率改革试点中带来的资金增长的喜悦中。而这种存款的增长效应是在中央银行定向给予“特许权”的前提下获得的，而不是农村信用社通过提高自身经营机制，优化服务手段来取得的。从目前试点情况的分析得出，试点农村信用社存款的增长主要来源于其它金融机构存款的减少，而这种“特许权”将不会长期拥有，如果农村信用社不能很好地利用这次有利时机进行深刻变革，一旦利率市场化真正到来，商业银行又可利用自身的优势，重新夺回市场，存款大搬家所产生的后果将是灾难性的，会使一部分信用社经营出现困难甚至被挤出市场。
二、利率风险管理能力与风险应付能力差距很大
由于长期在中央银行严格的利率管制下经营，农村信用社对利率风险的认识程度较低，相对于支付风险，信贷风险而言利率风险还是一个陌生的概念。在金融意识提高，企业、居民的利率敏感性增强的情况下，社会经济主体基于利率走势预期而形成利率风险的防范行为比较明显。资金流动中的利率风险转移机制已经形成，如因定期存款利率的上浮幅度大于活期存款，就会出现大量活期存款转存定期，农村信用社就会被动地接受高成本负债，加大经营成本。由此可见，受金融市场发育不健全的制约，更主要是农村信用社对利率风险缺乏主动调整利率风险的金融产品和金融市场这将给农村信用社经营带来极大的隐患。
三、确定利率的能力和水平往往带有一定的盲目性
利率改革试点使农村信用社对存贷款利率拥有较大的决定权，而存贷款利率直接决定着信用社经营成本和收益。因而，控制合理的存贷款利差水平，对维护农村信用社的稳健经营尤其重要。在目前的条件下，农村信用社还未形成完善的资金定价体系，确定利率存在一定的盲目性。这次农村信用社利率市场化改革试点，是在最高幅度下的浮动，尽管在确定利率浮动幅度时，各地根据调查和掌握的信息，经过一定的测算，但其合理性，还待于进一步完善，特别是利率定价的灵活性和约束性没有形成良好的互动，缺乏制度化的定价程序，随意性较大。对利率的确定应该依据社会资金的供求状况，社会资金的平均利润率，企业和信用社的盈利水平等经济指标，但上述指标中有的难以精确测定，有的存在一定的时滞效应，很容易产生信号失真的情况。这些因素使得农村信用社主观确定的利率水平难以真正体现市场均衡，对农村信用社的影响越来越大，使利率改革的政策效应不可避免地受到影响。
四、管理体制和内部激励制约机制尚不健全
在我国，农村信用社也存在“所有者缺位”的问题，贷款长期成为地方政府解决就业、促进增长、实现社会稳定的重要手段，这种政策性负担的存在也使得对管理人员的业绩难以进行客观的评价，导致信用社同国有企业一样存在着预算软约束的问题，信用社内部难以建立起有效的机制和相应的激励制度。这样，一方面管理人员的收入和升迁并不取决于其管理绩效，另一方面管理人员可以不为其经营后果负责，这使得信用社的经营管理水平低，经营效益低下。经营管理水平低造成两个方面的后果，一个后果是关系贷款大量存在，贷款质量难以保证，容易形成大量的坏账，另一个后果就是管理人员偏好高风险高收益的投资。由于利率市场化赋予金融机构对信贷的定价权和配置权，在体制不明确、结构不健全的情况下利率市场化难以达到优化信贷配置效率，促进经济增长的结果，反而由于信贷权力的扩大，可能导致信贷风险增加，配置效率低下的经济后果。
五、监管体制、监管目标还不够成熟，缺少风险预警和保险制度
目前，信用社的监管体系由银监局及分支机构的监管、信用社内部控制制度和市场约束三者有机构成，再加上央行业务上的管理和指导，缺一不可。但对农村信用社而言,目前均有严重缺陷。当前的监管体制强调合规性监管上，侧重于事后对是否违法违规的监管，缺乏对经营风险的监测和早期预警制度。农信社内部的激励制度和内控制度建立和落实还处于初级阶段。市场约束机制不健全主要表现在金融机构对外信息披露制度不健全，透明度不高，因此存款人和其它债权人很难及时、准确地发现经营中的问题，从而难以通过存款转移和提高其融资利率来制约金融机构。
监管体系尚不成熟还表现在缺乏存款保险制度。实际上，存款保险制度能够保证货币当局对问题金融机构的处理能力，从而做到迅速、有效地保证经济中的流动性，防止金融恐慌的传播，因此,建立存款保险制度是防范信用社支付风险扩散的有效防线。而缺乏存款保险制度则导致货币当局在处理问题机构时要受到财政的制约：一方面受到财政情况的制约，另一方面受到财政决策程序的影响，从而降低问题机构的处理速度和效率。
